La Secretaría de la Hermandad del Rosario de Alcalá de Guadaíra es el órgano encargado de dar fe en todos los actos corporativos y de gobierno de la Hermandad. Se ocupa de recibir las solicitudes de ingreso de nuevos hermanos, así como de gestionar los libros de inscripción, actas y las bajas, ya sean provisionales o definitivas.
Además, tiene la responsabilidad de toda la correspondencia oficial y del archivo de la Hermandad, asegurando la conservación de todos los documentos generados. Junto con el mayordomo, se encarga de emitir las papeletas de sitio y elaborar la nómina de los hermanos que participarán en la Procesión Penitencial.
La Secretaría está conformada por un secretario primero y un secretario segundo, quien asiste al primero en sus funciones y lo sustituye en caso de ausencia o vacante.